Proteggere e mantenere/ripristinare la biodiversità e gli ecosistemi della Laguna di Lesina, attraverso la gestione, il mantenimento/ripristino ed il monitoraggio integrativo del sito NATURA 2000 interessato da attività di pesca e mediante un approccio partecipativo tra gli stakeholder (politici, ricercatori, pescatori) che condividono responsabilità e interessi sull'ecosistema lagunare.
Introdurre nuove conoscenze e tecniche di cattura efficaci mirate alla riduzione degli scarti da pesca riducendo l’impatto delle attività di pesca sull’ambiente lagunare.
Le attività di ricerca dell’Istituto vengono condotte nell’ambito di progetti di ricerca, sviluppo ed innovazione, sia di carattere nazionale che internazionale, a valere su programmi di finanziamento a regia regionale (POR FEAMPA - Programma Operativo Regionale del Fondo Europeo Affari Marittimi Pesca e Acquacoltura e POR FESR - Programma Operativo Regionale del Fondo Europeo di Sviluppo Regionale) o ministeriale (PRIN – Progetti di rilevante interesse nazionale, PNRA - Programma nazionale di ricerca in Antartide, PO FEAMPA - Programma Operativo Nazionale Fondo Europeo Affari Marittimi Pesca e Acquacoltura), programmi per la Cooperazione Territoriale Europea (Interreg), programmi di finanziamento diretto della Commissione Europea (Horizon2020 ed Horizon Europe, Life, JPI - Joint Programming Initiatives, ERA-NET Cofund) ed iniziative di collaborazione tematica gestite da organizzazioni internazionali quali, ad esempio, la FAO – GFCM (General Fisheries Commission for the Mediterranean). L’Istituto sviluppa anche progetti finanziati nell’ambito di collaborazioni con imprese private nei settori della blue economy nonché del trasferimento tecnologico e dei risultati della ricerca. I progetti di ricerca, prevalentemente di carattere collaborativo, vengono sviluppati attraverso un’ampia rete di partner che includono la maggiori Istituzioni di Ricerca ed Università italiane ed estere.